内視鏡的切除術の原則は「リンパ節転移の可能性がほとんどなく、腫瘍が一括切除できる大きさと部位にある」ことです。食道、胃、大腸において、ガイドラインにより適応が定められています。

食道

「粘膜固有層までに癌の浸潤が留まるもの」が絶対適応です。
さらに相対適応として「がんの深さが粘膜筋板に達したもの、粘膜下層200μmまでに留まるもの」とされていますが、これらはリンパ節転移の可能性が残ります。また、粘膜切除が４分の３周以上に及ぶ場合は、切除後の狭窄の発生が予測されるため十分な話し合いと狭窄予防が必要とされています。

胃

腫瘍の大きさ、組織型（分化型、未分化型）、深さ、潰瘍合併の有無により規定されます。絶対適応病変は、「がんの深さが粘膜層に留まり、腫瘍径2cm以下、潰瘍を伴わない分化型癌」とされています。
ただし、適応拡大病変として次の状態のものがあります。

• 2cmを超えるが、潰瘍を伴わず深さが粘膜層に留まる分化型がん
• 3cm以下の潰瘍を伴う、深さが粘膜層までの分化がん
• 2cm以下の潰瘍を伴わない深さが粘膜層までの未分化がん

絶対適応病変と、適応拡大病変以外はESD適応外病変となります。

大腸

「腫瘍の大きさが2～5cmまでの一括切除が可能な腺腫または早期癌（深さが粘膜下層1000μmまでに留まるがん）」とされています。
治療前にはがんの深さが正確に確認できないため（超音波内視鏡による補助診断はあります）、ESDの適応かどうかは内視鏡医の判断に委ねられます。最終的には切除後の病理組織診断結果によって決定されます。そのため、治療前に適応病変と判断されていても、治療後に適応外と判明することもしばしばあり、その際は追加の外科手術が必要になります。
これらの条件を基本とし、患者さんの状態（年齢や基礎疾患、長時間の麻酔下での治療が可能か）と患者さんの希望を総合的に判断して、治療の適応を決定します。

まず内視鏡にて粘膜表面に拡がっているがんの切除範囲を確定します。がんから５ミリ程度安全マージンをとってマーキングを行ったのちに、切除を開始します。粘膜の下にある粘膜下層に生理食塩水などを注射してがんを浮かせたのち、内視鏡の先端から特殊な電気メスを出し、粘膜下層を直接はがして、がんを粘膜ごと切除します。

注意事項（ESD終了後）

• アルコールは2週間は禁止となります。
• 力仕事や腹圧のかかる仕事、激しい運動（ゴルフなど）も２週間後からにしましょう。
• 長時間の車の運転や長期の旅行は、治療後2週間程あけてからにしましょう。
• タバコは2週間控えて下さい。
• シャワー浴は翌日から開始して構いません。入浴は３日後からになります。
• 食事の制限があります。流動食から始め、徐々に普通食に戻していきます。
• 抗凝固剤を内服している方はESDは必ずご相談ください。
• 心疾患・脳疾患等で抗血栓剤・抗凝固剤を内服している方は数日間中止していただきます。
• 現在治療中の場合、必ず医師に相談して下さい。